জিনগত বৈচিত্র্য (Genetic diversity) বলতে একটি নির্দিষ্ট প্রজাতির সদস্যদের মধ্যে জিনগত উপাদানের বৈষম্যের মাত্রাকে বোঝায়। যেমন: সকল মানুষ Homo sapiens প্রজাতির অন্তর্ভুক্ত হলেও তাদের মধ্যে দেহের আকৃতি, চোখের রং, গায়ের ও চুলের রঙ ইত্যাদি নানা দিক থেকে পার্থক্য বা ভিন্নতা দেখা যায়। জিনগত সাধারণ গঠন বা genetic code এর ভিন্নতার কারণে এমনটা হয়ে থাকে। এই ধরনের ভিন্নতা গুলোই জিনগত ভিন্নতা।