১৯৪০ সালের মার্চ মাসে মুসলিম লীগের সম্মেলনে জিন্নাহ দ্বি-জাতি তত্ত্ব প্রচার করতে শুরু করে যা পাকিস্তান গঠন হওয়ার আগ পর্যন্ত চলতে থাকে। দ্বি-জাতী তত্ত্ব মূলত ভারতীয় মুসলমানদের আলাদা নির্বাচনী অধিকার রক্ষার জন্য দেয়া হয়। এই তত্ত্বের মূল বিষয়বস্তু ছিল এই যে হিন্দু মুসলমান আলাদা জাতি সত্ত্বা।